به گزارش تجارت‌نیوز، ساعت ۶ و نیم صبح شنبه ۲۱ فروردین ۱۳۷۸ سرلشکر صیاد شیرازی جانشین ستاد کل نیروهای مسلح هنگام خروج از منزل هدف سه گلوله قرار گرفت و به شهادت رسید. هر سه گلوله از پنجره‌ی سمت راننده به سر و گردن او اصابت کرد. خبرنگار کیهان که به محض دریافت این خبر در جلوی منزل شهید صیاد شیرازی حضور یافت به نقل از شاهدان عینی گزارش داد که تروریست در پوشش رفتگر اقدام به این جنایت کرده است. پس از وقوع این حادثه پیکر شهید صیاد شیرازی به‌سرعت توسط مردم به بیمارستان منتقل شد اما شدت جراحات وارده کار پزشکان را بی‌نتیجه گذاشت. یکی از شاهدان عینی که از جوانان همسایه بود، به خبرنگار کیهان گفت: «سرلشکر همیشه بدون محافظ و با اتومبیل که خود آن را هدایت می‌کرد، رفت و آمد می‌کرد و امروز نیز ساعت ۶ و ۳۰ دقیقه‌ی بامداد در حالی که با یک اتومبیل تویوتا سفیدرنگ قصد داشت از منزل خارج شود، هدف سه گلوله‌ی کلت قاتل قرار گرفت و به شهادت رسید.» او در پاسخ به این‌ پرسش که آیا به مورد مشکوکی برخورده‌اند یا خیر گفت: «دیروز مرد جوانی در لباس رفتگر شهرداری که برای اولین بار در این محل دیده شده و مرتبا از مقابل منزل شهید عبور می‌کرد شک کرده بودم.» (کیهان، ۲۱ فروردین، ۷۸) در ظهر روز ترور شهید صیاد شیرازی، نشریه «مجاهد» ارگان سازمان مجاهدین خلق که در عراق تهیه و در لندن به چاپ می‌رسید، تیتر زد: «سرلشکر بسیجی صیاد شیرزی کیفر یافت» و گزیده‌ای از سخنان ایشان را که در مرداد سال ۷۷ درباره‌ی عملیات مرصاد از تلویزیون پخش شده بود منتشر کرد. فردای آن روز نیز خبرگزاری جمهوری اسلامی خبر داد که «گروهک تروریستی منافقین» در ظهر روز ترور مسئولیت آن را بر عهده گرفته است. «یک سخن‌گوی تروریستی منافقین در تماس با خبرگزاری فرانسه در نیکوزیا مسئولیت این جنایت را بر عهده گرفت. شبکه‌ی تلویزیونی ای‌.ان‌.ان نیز از منابع خبری خود گزارش داد که گروهک منافقین مسئولیت ترور سپهبد علی صیاد شیرازی را بر عهده گرفته است.» (اطلاعات، ۲۲ فروردین ۷۸، ص ۲) ابراهیم خدابنده، یکی از اعضای جداشده‌ی سازمان مجاهدین خلق و مدیرعامل کنونی انجمن نجات درباره‌ی عاملین این ترور می‌گوید: «من آن زمان در عراق و در نشست مسعود رجوی بودم. مسعود رجوی همان زمان با جزئیات آن را شرح می‌داد. بعدا هم گفت که نفری که این کار را کرد به سلامت برگشت و الان در قرارگاه اشرف است. البته سازمان اطلاعیه هم داد.» خدابنده‌ در توضیح دلایل این ترور، آن را تقاص مسعود رجوی می‌داند از صیاد شیرازی به خاطر نقش پررنگش در عملیات «مرصاد»؛ عملیاتی که در ۱۱ سال پیش از آن (تابستان ۱۳۶۷) در پاسخ به عملیات «فروغ جاویدان» مجاهدین خلق که قصد داشتند به قول پیشوای‌شان ۴۸ ساعته به تهران برسند، به فرماندهی صیاد شیرازی انجام شد و طی آن مجاهدین شکست سختی خوردند؛ بیش از دو هزار نفر تلفات دادند و ۵۳۱ تن از آنان نیز به اسارت نیروهای ایرانی درآمدند. خدابنده می‌گوید: «مسعود رجوی به خاطر عملیات مرصاد کینه‌ی عمیقی از شهید صیاد شیرازی داشت و او را عامل اصلی شکست می‌دانست. عملیات [ترور صیاد شیرازی] را هم به اسم طاهره طلوع گذاشته بودند که از کشته‌شدگان مرصاد بود. روشی که سازمان در این عملیات به کار گرفت درست همان روشی بود که داعش شهر حلب در سوریه و شهر موصل در عراق را تصرف کرد؛ اما سازمان نتوانست کرمانشاه را تصرف کند. اگر می‌کرد بازپس‌گیری کرمانشاه به قیمت تلفات زیاد بود. در این‌گونه موارد ارتش کلاسیک و توپخانه و آتشباری و پشتیبانی هوایی کاری از پیش نمی‌برند. راه‌حل شهید صیاد شیرازی وارد کردن داوطلب از بسیج و استفاده از کلاش و بی.‌کی.‌سی و آر.پی.‌جی و کمین بر سر راه در چهارزبر [از توابع بخش ماهیدشت کرمانشاه] بود که سازمان را متوقف کرد. بعدا تجارب و روش شهید صیاد شیرازی برای مقابله با داعش در سوریه و عراق به کار گرفته شد. افراد داوطلب به صورت کاملا سبک وارد شدند یعنی به همان شیوه‌ی داعش با آن‌ها مقابله شد. ارتش‌های کلاسیک سوریه و عراق در برابر داعش کاملا عاجز بودند.» این عضو جداشده‌ی مجاهدین خلق می‌گوید، رجوی برای جلب همکاری صدام برای این ترور او را نیز فریب داده است: «مسعود رجوی برای این‌که صدام حسین را به همکاری وادار نماید به او اطلاعاتی ساختگی داد که گویا اقدام به ترور پسرش از جانب شهید صیاد شیرازی بوده است و به این ترتیب همکاری صدام را هم در این رابطه جلب نمود.» خدابنده در پاسخ به این پرسش‌ها که این انتقام پس از ۱۱ سال چه دستاوردی برای مجاهدین داشت و ضارب چه کسی بود می‌گوید: «محمد محدثین که مسئول من بود گفت که این ترورها (شهید صیاد شیرازی و شهید لاجوردی) ارزش نظامی و استراتژیک ندارند ولی دل برادر (مسعود رجوی) خنک می‌شود. مسعود رجوی از شهید لاجوردی هم کینه داشت چراکه او را مسئول تواب شدن بسیاری در زندانی‌ها می‌دانست. فرمانده‌ی عملیات در عراق هم زهره قائمی بود که بعدها کشته شد. ضارب هم‌چنان در سازمان است که متاسفانه اسمش را نمی‌دانم.»