موضوع نحوه تعیین و پرداخت مالیات ارزش افزوده اوراق شمش نقره در گذشته برای افراد ابهامآمیز بود. با تصویب قانون تامین مالی تولید و اضافه شدن ماده 10 به آن، موضوع مالیات ارزش افزوده حل شد.
هزینه انبارداری و نگهداری به ازای هر گواهی سپرده کالایی شمش نقره روزانه معادل ۲۰ ریال است. هزینه مزبور ابتدای فصل بهار و پاییز، طبق میانگین قیمت پایانی نماد معاملاتی در ماه پایانی تعدیل میشود. پرداخت این مبلغ بر عهده دارنده گواهی سپرده کالایی در پایان هر روز است.