کواکبیان روز شنبه در واکنش به توهین به رئیسجمهوری از سوی برخی افراد در جریان راهپیمایی روز قدس در تهران، در حساب توئیتری خود نوشت: «امیدوارم قوه قضاییه به عنوان مدعیالعموم ماجرای سازماندهی شده توهین به رئیسجمهور را پیگیری کند.»
کواکبیان در حالی این توئیت را منتشر کرده که دادستان تهران از دستور به پلیس و وزارت اطلاعات برای شناسایی عاملان توهین به رئیسجمهور در مراسم روز قدس خبر داد.