بر اساس گزارش سازمان حسابرسی هواپیمایی کیش‌ایر سقف حقوق و مزایای کرو پروازی را رعایت نکرده است.مالکیت ۲۸ دستگاه ساختمان این ایرلاین نیز همچنان بلاتکلیف است.
برای «حمل بار تجاری توسط وسایل نقلیه عمومی حمل مسافر» در کلانشهرها، مراکز استانی، جاده‌های بین شهری و مناطق آزاد تجاری ۲۵۰ هزار تومان جریمه در نظر گرفته شده است.
